FOGLIO INFORMATIVO SULLA RICERCA DELLE 32 MUTAZIONI

Ti tolo:
ALLEGATO
All.1_P18
Rev.1
Del 21/04/2012
I NFO R M ATI V A FI B RO SI CI S TI C A
Pagina 1 di 4
FOGLIO INFORMATIVO SULLA RICERCA DELLE 32 MUTAZIONI PIU’ FREQUENTI
NEL GENE DELLA FIBROSI CISTICA (CFTR) TEST DI 1° LIVELLO
Che cosa è la fibrosi cistica:
Nella popolazione italiana è la più comune malattia autosomica recessiva grave. Colpisce circa 1:3000
nati e la frequenza dei portatori sani e di circa 1:27.
Le manifestazioni cliniche della malattia sono caratterizzate dalla produzione di muco particolarmente
denso, viscoso, che tende ad ostruire i bronchi e i dotti del pancreas e che porta a una malattia polmonare
cronica ostruttiva con evoluzione verso l’insufficienza respiratoria. Si possono presentare inoltre
insufficienza pancreatica esocrina, diabete e, nella quasi totalità dei maschi affetti, azoospermia da atresia
bilaterale congenita dei dotti deferenti (CBAVD). La fibrosi cistica può esprimersi con maggiore o minor
gravità in individui diversi; viene trattata con terapie che variano da soggetto a soggetto, costituite per lo
più da fisioterapia, antibiotici, aerosolterapia, estratti pancreatici e vitamine.
Il decorso e la prognosi sono notevolmente migliorati negli ultimi decenni, soprattutto per pazienti
diagnosticati precocemente. Nonostante ciò allo stato attuale la guarigione non è possibile e la durata
media della vita è comunque ancora ridotta rispetto a quella della popolazione generale.
Le modalità di comparsa, l’entità dei sintomi e il decorso della malattia sono molto variabili.
Genetica della malattia:
Il gene responsabile della malattia (CFTR) si trova sul braccio lungo del cromosoma 7 ed è un gene
piuttosto grande in quanto contiene 27 esoni. La proteina prodotta da questo gene si chiama CFTR e la
sua funzione principale riguarda il trasporto transmembrana del cloro.
Le mutazioni sino ad oggi individuate nel gene CFTR sono oltre 1500. La frequenza relativa delle
mutazioni è molto variabile in relazione all’area geografica, alcune sono molto rappresentate in particolari
popolazioni, altre sono estremamente rare. In Italia la mutazione più frequente è la F508del (51%).
La correlazione tra mutazione e fenotipo non consente giudizi prognostici sulla sopravvivenza e
sull’insorgenza di disturbi respiratori anche se alcune mutazioni sono associate a sufficienza pancreatica,
fertilità maschile e a livelli quasi normali di cloro nel sudore.
Come si trasmette:
Essendo una malattia autosomica recessiva entrambi i genitori devono essere portatori di almeno una
mutazione (portatori sani o individui affetti). Nel caso di portatori sani, il feto ha il 25% di probabilità di
ereditare da entrambi i genitori la mutazione.
Diagnostica prenatale e preconcezionale:
L’analisi molecolare costituisce uno strumento prezioso per diagnosticare la fibrosi cistica, per calcolare il
rischio riproduttivo per fibrosi cistica di una coppia (Test di coppia) o valutare lo stato di portatore di un
individuo. Nella diagnostica prenatale, nel caso in cui i genitori non siano stati sottoposti a un test di
screening per la fibrosi cistica, non abbiano familiarità per tale patologia, e non siano ricorsi a
fecondazione assistita a causa di atresia bilaterale congenita dei dotti deferenti del maschio, è indicato
eseguire un Test di coppia sui genitori (prelievo di sangue periferico) mediante una analisi di Iº livello che
ricerca le mutazioni più frequenti nella popolazione e che ha una detection rate delle mutazioni attorno al
75% . Infatti sottoponendo entrambi i genitori al test è possibile non solo evidenziare un eventuale stato di
portatore sano ma anche di calcolare il rischio riproduttivo per fibrosi cistica della coppia.
Una coppia della popolazione generale, non testata per la fibrosi cistica ha, per ogni gravidanza, un
rischio di generare un figlio affetto dalla malattia compreso tra 1/2500 e 1/3000.
Nel caso in cui entrambi i genitori risultassero negativi al test il rischio riproduttivo si abbasserà
notevolmente divenendo inferiore a 1/30.000; in questo caso non saranno indicati ulteriori
approfondimenti. Se entrambi i genitori risultassero positivi al test (cioè ciascuno portatore sano,
eterozigote, per una mutazione che causa malattia) il rischio riproduttivo sarà del 25% (1/4) e in tal caso il
genetista medico presenterà la possibilità di ricorrere alla diagnosi molecolare sul feto.
Se uno dei due genitori risultasse portatore e l’altro negativo al test di Iº livello il rischio riproduttivo della
coppia sarà di circa 1/400. In questo caso il genetista medico illustrerà alla coppia la possibilità di
approfondimento con una analisi di IIº livello che ricerca mutazioni rare nella popolazione.
Ti tolo:
ALLEGATO
All.1_P18
Rev.1
Del 21/04/2012
I NFO R M ATI V A FI B RO SI CI S TI C A
Pagina 2 di 4
La diagnosi molecolare su materiale fetale (liquido amniotico, villi coriali, sangue fetale) sarebbe quindi
indicata solo quando entrambi i genitori sono portatori di una mutazione che causa la malattia. In questo
caso infatti il feto ha il 25% di probabilità di essere affetto da fibrosi cistica.
Detection rate del test nelle diverse regioni italiane:
Regione (alleli)
Sardegna(156)
Veneto(312)
Trentino(184)
Lombardia (1248)
Puglia(372)
Toscana(362)
Friuli V.G.(130)
Lazio (582)
Sicilia(478)
Totale(3824)
Frequenza delle
mutazioni indagate
(%)
Probabilità residua
di essere portatore
se il test è
negativo
70
CFv3
70.51%
79.81%
86.96%
74.51%
66.94%
72.65%
79.23%
81.62%
78.66%
75.91%
Rischio di avere un figlio affetto da CF quando:
un paziente della coppia è
portatore/l'altro negativo al
test
entrambi i pazienti sono
negativi al test
1:82
1:331
1:27.400
75
1:99
1:396
1:39.200
80
1:124
1:494
1:61.000
85
1:165
1:661
1:109.200
90
1:246
1:984
1:242.100
95
1:491
1:1964
1:964.400
Diagnosi molecolare in epoca postnatale:
In epoca postnatale, quando è impossibile eseguire il test del sudore, o quando il risultato di tale test è
dubbio o negativo ma associato a un forte sospetto clinico, è indicato eseguire un’analisi genetica di Iº
livello, che come già detto ha generalmente in Italia una detection rate media del 75% circa; ciò significa
che verranno identificate entrambe le mutazioni in poco più del 50% degli affetti da fibrosi cistica. Nel
37% degli affetti verrà identificata una sola mutazione (negatività parziale), e nel 6% nessuna mutazione
(negatività totale). Chi richiede l’analisi per la diagnosi molecolare della fibrosi cistica deve quindi essere
cosciente del fatto che nei casi di negatività parziale o totale potrebbe essere necessario proseguire
l’indagine con analisi di IIº e IIIº livello volte a identificare mutazioni rare nel gene.
Possibili rischi e i benefici derivanti dalle indagini di genetica molecolare
La scelta delle tecniche diagnostiche da utilizzare nell’analisi e l'interpretazione delle indagini genetiche
necessita che la storia medica familiare fornita al laboratorio sia accurata e (nel caso di spedizione di
campioni) che ciascun campione inviato al laboratorio corrisponda alla persona indicata sull'etichetta.
Pertanto un errore nella storia medica familiare o nell'identificazione del campione può portare ad una
diagnosi errata.
Ti tolo:
ALLEGATO
All.1_P18
Rev.1
Del 21/04/2012
I NFO R M ATI V A FI B RO SI CI S TI C A
Pagina 3 di 4
L'accuratezza dei test genetici è limitata sia dalla particolare natura dei test medesimi sia dai metodi
impiegati. Per questi motivi è possibile che, nonostante tutte le cure siano poste nell'analisi, questa possa
non essere esaustiva, ovvero la diagnosi possa essere conclusa solamente se Lei si renderà disponibile
al prelievo di uno o più ulteriori campioni.
Occasionalmente, nel corso di test genetici, può essere identificata una condizione genetica che
potrebbe, o meno, influire sulla Sua stessa salute o quella dei Suoi figli. In questi casi il referto conterrà il
consiglio di rivolgersi ad un medico specialista per una “Consulenza Genetica”, che consiste in un
colloquio durante il quale Le verranno illustrate le potenziali implicazioni dei risultati.
L’accertamento di un difetto genetico in un individuo potrebbe corrispondere ad un’eventuale condizione
di portatore/portatrice della mutazione in uno o entrambi i genitori, e dei membri correlati della famiglia.
Alcuni test genetici possono rivelare la non-paternità. Se durante l'esecuzione di un test genetico ciò
accadesse, e se il responsabile del laboratorio stabilisse che tale aspetto possa significativamente
influenzare il risultato dell’esame, questo Le verrà comunicato attraverso un medico specialista, che potrà
essere lo stesso che Le ha prescritto l’esame.
Mutazione
Esone/Introne
Variazione Nucleotidica
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
3
3
Intr.4
4
Intr.5
7
7
7
7
9
G-386→A
DelezioneTT pos.394
G621+1→T
G-482→A
G-711+1→T
Del 1bp
G-1172→C
G-1172→A
G-1132→T
C-1496→A
Del 3bp (1648-1650) o (1651-1652)
Effetto della
mutazione
Gly-85→Glu
frameshift
5’splice site
Arg-117→His
5’splice mut
frameshift
Arg-347→Pro
Arg-347→His
Arg-347→Trp
Ala-455→Glu
Del Ile-506 o Ile-507
Del 3bp (1652-1655)
G-1717-1→A
G-1690→T
G-1756→T
G-1778→A
T-1779→G
G-1784→A
G-1789→T
G-1811→C
G-1898+1→A
Del A-2184 e A-2183G
Del A pos. 2184
G-2789+5→A
G→A in pos. 3120+1
C-3616→T
Del 1bp
C3849+10 Kb →T
DelA pos. 3876
G-3978→A
Ins1bp
C-4041→G
Numero variabile T (5T-7T-9T) in
pos 1342-6
Del Phe-508
3’ splice site
Gln-520→Phe
Gly-542→Stop
Ser-549→Asn
Ser-549→Arg
Gly-551→Asp
Arg-553→Stop
Arg-560→Thr
5’ splice site
frameshift
frameshift
5’ splice site
mRNA splicing mut.
Arg-1162→Stop
frameshift
creazione splice site
frameshift
Trp-1282→Stop
frameshift
Asn-1303→Lys
5T altera spicing
esone 9
G85E
394delTT
621+1G→
→T
R117H
711+1G→
→T
1078delT
R347P
R347H
R334W
A455E
11. ∆I507
12. ∆F508
13. 1717-1G→
→A
14. V520F
15. G542X
16. S549N
17. S549R
18. G551D
19. R553X
20. R560T
21. 1898+1G→
→A
22. 2183AA→G
23. 2184delA
24. 2789+5G→
→A
25. 3120+1G→
→A
26. R1162X
27. 3659delC
28. 3849+10Kb C→
→T
29. 3876delA
30. W1282X
31. 3905insT
32. N1303K
10
Intr.10
10
11
11
11
11
11
11
12/Intr.12
13
13
Intr.14b
Intr.16
19
19
Intr.19
20
20
20
21
*Polimorfismo Poly-T
Intr.8
10
Tabella mutazioni analizzate:
Le 23 mutazioni panetniche consigliate nelle linee guida della ACMG del 2004 sono evidenziate in grassetto
Ti tolo:
ALLEGATO
All.1_P18
Rev.1
Del 21/04/2012
I NFO R M ATI V A FI B RO SI CI S TI C A
Pagina 4 di 4
Tipologia del campione e suo trattamento
Per effettuare la diagnosi molecolare è necessario un prelievo di sangue periferico, DNA estratto
da villi coriali, da amniociti (tramite villocentesi o amniocentesi) o da altri tessuti. La diagnosi
molecolare della Fibrosi Cistica si basa sul seguente metodo:
•
amplificazione mediante PCR-OLA (Polymerase Chain Reaction/ Oligonucleotide
Ligation Assay) delle mutazioni più frequenti.
Per completamento dell’analisi può essere necessario eseguire l’esame sui genitori o su altri
familiari.
In rarissimi casi è possibile:
•
dover ripetere il prelievo di sangue o di tessuto
•
un errore diagnostico
Il DNA estratto è utilizzato al solo scopo di eseguire l’analisi richiesta.
Il referto è previsto dopo circa 2-3 settimane, a partire dalla data del ricevimento del campione.