Progetto - Laboratorio di Programmazione II Corso di Laurea in

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Laboratorio di Programmazione II
Corso di Laurea in Bioinformatica
Dipartimento di Informatica - Università di Verona
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Algoritmi notevoli per bioinformatica ed uso matlab
Realizzare una serie di algoritmi notevoli per la
bioinformatica
Partial Digest Problem
MotifSearch (brute force, branch and bound)
Longest Common Subsequence (Edit graph, DAG)
Processare dati con matlab
caricare e modicare immagini.
PDP
Progetto
Codice da realizzare
Costruttore DistanceList.java
getMax() della classe DistanceList.java
computePDP() della classe BruteForcePDP.java
Place(...) della classe SkienaPDP.java
computeDelta(...) della classe SkienaPDP.java
MotifSearch
Progetto
Codice da realizzare
matrixScore(...) della classe DNAStrings.java
simpleMotifSearch(...) della classe MotifSearch.java
optimisticScore(...) della classe DNAStrings.java
BranchAndBoundMotifSearch(...) della classe
MotifSearch.java
LCS
Progetto
Codice da realizzare
getTopologicalOrder(...) della classe DAG.java
Completare l'implementazione del metodo
computeSValues(...) della classe LongestPath.java
Implementare il metodo computeLongestPath(...) della
classe LongestPath.java
Implementare il metodo computeLabelledPath(...) della
classe EditGraph.java
Matlab
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Codice da realizzare
iph.m, ipv.m
utilizzare iph.m e ipv.m per fare il ip dell'immagine
trees.tif e visualizzare il risultato tramite il comando
imshow