Bioinformatica per la Biologia Cellulare

Bioinformatica per la Biologia Cellulare - domande per allenarsi (esame parte teoria):
1. con quali algoritmi vengono identificate le regioni transmembrana (TM)?
2. quali caratteristiche possono aiutare a identificare l'orientamento inside/outside?
3. gli algoritmi basati sull'idrofobicità identificano bene tutte le regioni TM?
4. come funzionano (in generale) i metodi HMM? Che tipo di metodo rappresentano?
5. come funzionano (in particolare) TMHMM e HMMTOP?
6. perchè per la predizione di topologia si usano i metodi HMM e non quelli discriminativi?
7. in cosa un metodo HMM è più evoluto di un algoritmo semplice basato sull'idrofobicità?
8. cosa hanno in comune i metodi generativi e quelli discriminativi?
9. che strategie sono utilizzate per non confonder TM e peptide segnale?
10. cos'è la famiglia di programmi PSORT?
11. come è strutturato PSORTb?
12. se dovesse adattare PSORTb agli eucarioti, cosa manterrebbe e cosa cambierebbe?
13. l'approccio integrativo in cosa consiste? Che vantaggi ha?
14. esistono predittori per specifiche localizzazioni subcellulari? Esempi?
15. esistono predittori per specifiche modificazioni post-traduzionali? Esempi?