Workshop teorico-pratico Introduzione all'analisi di dati RADseq Prerequisiti Durante il corso ciascun partecipante dovrà avere a disposizione un computer portatile (assicurarsi di avere privilegi di amministratore per installare software). Se si desidera installare il software Stacks, è indispensabile che il sistema operativo sia Unix like (Linux o Mac OS X). In ogni caso, ciascun partecipante potrà eseguire le esercitazioni su un cluster di calcolo disponibile per tutta la durata del Workshop. Si assume che i partecipanti abbiano una conoscenza di base delle principali tecniche di inferenza filogenetica e di analisi nell’ambito della genetica di popolazione. Nessuna esperienza di programmazione è richiesta ma è necessario avere familiarità con l'ambiente UNIX e l'esecuzione di comandi in una shell Bash. E' prevista una prima attività, della durata di mezza giornata, introduttiva a UNIX e shell Bash. Il contenuto del workshop Il sequenziamento RAD (Restriction site Associated DNA), insieme ai progressi della tecnologia di sequenziamento, sta rendendo possibile ottenere dati genomici non solo per gli organismi modello, ma anche per specie per le quali non sono disponibili informazioni genomiche. Le tecniche RADseq sono state utilizzate per la scoperta e la genotipizzazione di SNPs, mappatura di associazioni genotipo-fenotipo, mappatura di linkage, analisi QTL, analisi di ibridazione e flusso genico ed altri studi di genetica delle popolazioni. Più di recente, i dati RADseq sono stati utilizzati anche per affrontare studi filogeografici e filogenetici utilizzando informazioni provenienti da SNPs associati in "mini-contigs" ottenuti da tecniche di sequenziamento paired end. Il sequenziamento RADseq è un metodo quindi molto flessibile per studi su organismi modello e non modello. Il workshop introdurrà i partecipanti all’uso di Stacks (http://creskolab.uoregon.edu/stacks/), un software per organizzare flussi di analisi di diversi tipi di dati RADseq. Gli argomenti trattati durante il corso includono l'elaborazione di dati grezzi, l’assemblaggio delle sequenze de novo o con l'ausilio di un genoma di riferimento, l'individuazione di siti SNP e il calcolo di statistiche di base di genetica di popolazione. I partecipanti impareranno inoltre a esplorare i dati al fine di individuare tracce di fenomeni microevolutivi, e ad esportare i dati per analisi successive. Saranno discusse alcune tecniche di analisi filogenetica e filogeografica. Esercizi pratici saranno svolti su dati reali messi a disposizione dei partecipanti. Programma definitivo Domenica 7 Giugno 2015 Durante il giorno: arrivo dei partecipanti e sistemazione in camera 14:00 14:30: Introduzione generale al corso, logistica e altre informazioni pratiche (Alessio De Biase, Dip. BBCD Università di Roma La Sapienza e Matteo Montagna, DISAA - Università degli Studi di Milano) 14:30-17:30: Introduzione generale all'uso del terminal bash, comandi e funzioni utili durante il corso (Leone De Marco, Università degli Studi di Camerino e Università degli Studi di Pavia), a seguire esercizi pratici (Leone De Marco, Emiliano Trucchi, Alessio De Biase, Matteo Montagna) Lunedì 8 Giugno 2015 09:15-09:45: Saluti del Prof. Giuseppe Lozzia, Direttore del corso di Laurea in Valorizzazione e tutela Con il patrocinio di Sponsorizzato da S.I.PA.V. dell'ambiente e del territorio montano – Università degli Studi di Milano 09:45-10:30: Lezione. Introduzione al RAD sequencing: che succede in quelle provette (Emiliano Trucchi, Dept. of Botany University of Vienna) 10:30-10:45: Coffee break 10:45-12:00: Seminario. Genetica di Popolazione con RADseq: le zecche del Trentino (Margherita Collini, FEM) 12:00-13:30: Pranzo 13:30-14:30: Computer set up 14:30-17:30: Tutorial. Pulizia e de-multiplexing dei dati RADseq con Stacks (Emiliano Trucchi) Martedì 9 Giugno 2015 09:00-10:30: Lezione. Introduzione alla preparazione di una libreria RADseq: niente panico in lab (Emiliano Trucchi) 10:30-10:45: Coffee break 10:45-11:00: Breve discussione sugli aspetti pratici in lab: domande, ansie, curiosità (Emiliano Trucchi) 11:00-12:00: Presentazioni degli studenti (4-5): che progetti avete per cui il RADseq potrebbe essere utile? 12:00-13:30: Pranzo 13:30-14:00: Lezione. Introduzione a Stacks: che succede in quegli scripts (Emiliano Trucchi) 14:00-17:30: Tutorial: Costruire linkage maps utilizzando i dati RAD (Emiliano Trucchi) Mercoledì 10 Giugno 2015 09:00-10:30: Tutorial. Analisi dei dati RAD senza un genoma di riferimento: si può fare! (Emiliano Trucchi) 10:30-10:45: Coffee break 10:45-12:00: Tutorial. Continua - Analisi dei dati RAD senza un genoma di riferimento: si può fare! (Emiliano Trucchi) 12:00-13:30: Pranzo 13:30-14:00: Lezione. Ci sono però dei vantaggi nell'avere un genoma su cui mappare i dati (Emiliano Trucchi) 14:00-17:00: Tutorial. Utilizzo di dati RAD con un genoma di riferimento (Emiliano Trucchi) 17:00-17:30: Presentazioni degli studenti (2-3) Giovedi 11 Giugno 2015 09:00-10:30: Seminario. I dati RAD possono aiutare nei casi difficili...: sistematica di un gruppo di farfalle (Paolo Gratton, Max Planck, Leipzig) 10:30-10:45: Coffee break 10:45-12:00: Lezione. Come esportare i dati da Stacks: soluzioni e vicoli ciechi (Emiliano Trucchi) 12:00-13:30: Pranzo 13:30-14:30: Seminario. ...ed anche nei casi improbabili: diversità e demografia in una specie invasiva (Emiliano) 14:30-17:30: Tutorial. Cosa succede dopo Stacks: pratica su analisi di struttura genetica (Emiliano Trucchi) Venerdì 11 Giugno 2015: 09:00-10:30: Lezione. Disegnare un esperimento con RADseq: di cosa mi devo preoccupare (Emiliano Trucchi) 10:30-10:45: Coffee break 10:45-12:00: Lezione. Non solo ILLUMINA: altre tecnologie NGS e loro applicazioni (Emiliano Trucchi) 12:00-13:30: Pranzo 13:30-14:30: Seminario. RADseq avanzato: epigenetica ed elementi trasponibili (Emiliano Trucchi) 14:30-17:00: Presentazioni degli studenti (quelli rimasti), discussione finale, domande, perplessità. 17:00-17:30: Chiusura corso e saluti (Alessio De Biase e Matteo Montagna) Con il patrocinio di Sponsorizzato da S.I.PA.V.