Morello_Ylenia_report biomol2

Ylenia Morello
Biologia Molecolare
A.A. 2010/2011
Corso di Biologia Molecolare II
REPORT SULL’ATTIVITA’ DI LABORATORIO
Oggetto:
1. mostrare un albero filogenetico con la relazione tra Topo, Uomo e Ratto.
2. Descrivere la sezione “Orthology” della banca dati sul genoma di topo “MGI”
1. Per quanto concerne la ricerca dell’albero filogenetico, non avendone trovato uno
specifico su uomo, topo e ratto, ho lanciato un allineamento delle rispettive
sequenze dell’enzima DNA POLIMERASI II alpha. I programmi utilizzati sono stati
ClustalW e Tree Top (trovato in internet)
La seguente immagine è il risultato dell’allineamento con il programma Tree Top
La pagina dei risultati ottenuti allineando le sequenze di DNA POLIMERASI II ALPHA è
riportata in allegato alla mail.
Dall’allineamento effettuato in base a questo importantissimo enzima si evince che il
topo e il ratto sono evolutivamente più prossimi rispetto all’uomo.
2. Nella sezione ORTHOLOGY del database MGI si può usufruire di una serie di tools e
grafiche per l’analisi di omologia tra topo, ratto, uomo e molti altri mammiferi.
Particolarmente interessante risultano i link MOUSE-HUMAN ORTHOLOGY MAP e
MOUSE-RAT ORTHOLOGY MAP, in cui è rappresentato schematicamente il genoma di
topo cromosoma per cromosoma (19+cromosoma X). Ad ogni cromosoma è
sovrapposta una serie di istogrammi, ognuno riferito ad una diversa porzione del
cromosoma e indicante la quantità di geni ortologhi che possiamo trovare nelle stesse
regioni di genoma rispettivamente nell’uomo e nel ratto. Cliccando su ciascun
cromosoma, appare un file contenente tutti i geni e le proteine da esso codificate e le
rispettive posizioni per ognuno di questi geni in uomo e topo o topo e ratto.
E’ inoltre presente un tool FAQs e dei dati numerici circa il genoma di topo (geni, alleli,
vie biochimiche, ecc.)