Carta dei Servizi - Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare

Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare
Dipartimento di Medicina Molecolare e Traslazionale
Università degli Studi di Brescia
CARTA DEI SERVIZI
2017
M-AMM-01
Rev. 9 del 31.03.2017
1 di 9
Il Laboratorio di Citogenetica e Genetica Molecolare (LCGM) dell’Università di Brescia è situato
presso il Dipartimento di Medicina Molecolare e Traslazionale, viale Europa 11, corpo A, piano
terra
Tel
030.3717269
Fax 030.3717439
E-mail [email protected]
WEB www.lcgm-geneticamedica.unibs.it
E’ un Servizio di Genetica Medica specializzato, accreditato al Servizio Sanitario Regionale (SSR
Lombardia n. 399).
Eroga prestazioni nelle seguenti branche:
- citogenetica
- citogenetica molecolare
- genetica molecolare
- genetica clinica (consulenza genetica)
1. CITOGENETICA
La citogenetica è la branca della genetica umana che studia il patrimonio cromosomico degli
individui, cariotipo, per identificare eventuali anomalie, numeriche o strutturali, dei cromosomi
stessi che sono alla base di condizioni patologiche specifiche, inclusa l’infertilità. L’analisi del
cariotipo può essere eseguita sia in epoca prenatale, sia in epoca postnatale.
In epoca prenatale l’analisi del cariotipo viene eseguita sulle cellule del liquido amniotico o su
quelle dei villi coriali e permette di capire se il feto è portatore di alterazioni cromosomiche.
In epoca postnatale l’analisi del cariotipo viene generalmente eseguita sui linfociti del sangue
periferico e permette di riconoscere anomalie cromosomiche che si associano ad una condizione
patologica, ad una riduzione della fertilità o ad una maggiore probabilità di generare figli affetti da
patologia cromosomica.
In ambito oncoematologico lo studio del cariotipo su sangue midollare è impiegato per
l’identificazione di riarrangiamenti cromosomici acquisiti tipici delle neoplasie ematologiche, per il
monitoraggio della terapia e del trapianto midollare.
Prenatale
Cariotipo costituzionale su liquido amniotico (metodo in situ)
Cariotipo costituzionale su villi coriali (metodo diretto e coltura)
Cariotipo costituzionale su sangue fetale
Cariotipo costituzionale su materiale abortivo
Postnatale
Cariotipo costituzionale su sangue periferico (standard e/o alta risoluzione)
Cariotipo costituzionale su sangue periferico per :
studio riarrangiamenti cromosomici indotti (Bleomicina e/o DEB)
studio del mosaicismo cromosomico
Cariotipo costituzionale su fibroblasti cutanei
Oncoematologica
Cariotipo su sangue midollare
Cariotipo su sangue periferico non stimolato
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Indagine Citogenetica
Tempi
massimi di
refertazione
(gg)
Cariotipo da coltura di amniociti (liquido amniotico metodo in situ)
21
Cariotipo da coltura a breve termine di trofoblasto (villi coriali metodo diretto)
7
Cariotipo da coltura a medio-lungo termine di trofoblasto (coltura)
21
Cariotipo da coltura di linfociti da sangue fetale
7
Cariotipo da coltura da materiale abortivo
28
Cariotipo da coltura di linfociti
15
Cariotipo da coltura di fibroblasti ottenuti da biopsia cutanea
28
Cariotipo da coltura di sangue midollare
14
Cariotipo da coltura di sangue periferico non stimolato
Per casi particolarmente urgenti i tempi indicati possono essere ridotti, previo accordo.
14
2. CITOGENETICA MOLECOLARE
Le indagini di citogenetica molecolare, FISH (Fluorescence In Situ Hybridization) ed Array CGH
(Comparative Genomic Hybridization), si basano sul legame selettivo di sonde di DNA, coniugate
con coloranti fluorescenti (fluorocromi), che riconoscono sequenze complementari a quelle
presenti su un cromosoma o su un suo segmento.
Analisi FISH
Possono essere utilizzate sonde: centromeriche, che permettono rapidamente di evidenziare
anomalie numeriche dei cromosomi; painting, che colorano l’intero cromosoma, utili per
classificare anomalie cromosomiche strutturali; locus-specifiche, che consentono di riconoscere
specifici loci evidenziando delezioni e/o duplicazioni submicroscopiche; telomeriche, che
identificano specificamente le regioni subtelomeriche presenti alle estremità dei cromosomi.
La FISH offre una maggior risoluzione rispetto al cariotipo convenzionale, consente una migliore
definizione di riarrangiamenti cromosomici, la caratterizzazione di anomalie strutturali non
evidenziabili alla citogenetica classica che includono sindromi da microdelezioni, duplicazioni,
traslocazioni criptiche, riarrangiamenti complessi, marcatori cromosomici.
Limite della metodica è la specificità per il solo tratto di DNA interrogato.
Indagine Citogenetica Molecolare (FISH)
Tempi
massimi di
refertazione
(gg)
FISH per indagini su campioni in prenatale
5-21*
FISH per indagini su campioni in postnatale
21
FISH per indagini su campioni in postnatale per riarrangiamenti subtelomerici
21
FISH per indagini su campioni oncologici
14
* i tempi possono variare se la richiesta è coincidente con l’arrivo del campione o se è generata da
un approfondimento diagnostico.
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Tra le sindromi da microdelezione/microduplicazione indagate le principali sono:
Patologia
Tempi
massimi di
refertazione
(gg)
Geni analizzati /regione
cromosomica
Angelman Sindrome di
SNRPN/UB3A (15q11-q13)
21
Catch 22 (Di George Sindrome di)
TUPLE 1 (22q11.21)
21
Cri Du Chat Sindrome di
CTNND2/D5S2874 (5p15.2)
21
Di George II Sindrome di
DGCRII/D10S547(10p14)
21
Kallmann Sindrome di
KAL (Xp22.3)
21
Miller Dieker Sindrome di
PAFAH1B1 (17p13.3)
21
Pallister Killian Sindrome di
Telomero (12p)
21
Prader Willi Sindrome di
SNRPN (15q11-q13)
21
Smith Magenis Sindrome di
RAI1 (17p11.2)
21
Williams Sindrome di
ELN (7q11.23)
21
Wolf Hirschorn Sindrome di
WHSC1 (4p16.3)
21
Ritardo Mentale idiopatico isolato o sindromico Riarrangiamenti regioni
subtelomeriche (telomeri)
21
Sul versante oncoematologico i principali riarrangiamenti indagati sono:
Patologia
Leucemia Mieloide Acuta (LMA)
Leucemia Mieloide Cronica (LMC)
Studi interfasici post-trapianto di
midollo osseo (allogenico)
Geni analizzati /regione cromosomica
Tempi
massimi di
refertazione
(gg)
Traslocazione PML/RARA t(15;17)
(q22;q21)
14
Traslocazione AML/ETO t(8;21) (q21;q22)
14
Traslocazione CBFB t(16 ;16) ; inv(16)
14
Delezioni FIP/Chic/PDGFRA (4q12)
14
Studio MLL (11q23)
14
Traslocazione M-bcr/abl t(9;22) (q34;q11)
14
Studio centromeri cromosomi X e Y (Sex
Mismatch)
14
NOTA
È possibile, previo accordo, l’esecuzione di analisi FISH con altre sonde commerciali, i tempi di
refertazione dipenderanno dal tempo di approvvigionamento della sonda.
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Analisi CGH-Array
L’analisi Array-CGH consente di identificare perdite o acquisizioni di sequenze di DNA lungo
l’intero genoma in un'unica analisi con una risoluzione 100 volte superiore a quella possibile con le
tradizionali tecniche di citogenetica classica su metafasi. Questa tecnologia è basata sulla
comparazione di un campione di DNA test e uno di controllo, marcati con fluorocromi diversi e
ibridati contemporaneamente a sonde di DNA adese ad un supporto di vetro (array). L’intensità
della fluorescenza viene quantificata mediante uno scanner e successivamente elaborata da un
software dedicato. La risoluzione della piattaforma attualmente in uso è di 50-150 kb su tutto il
genoma.
L’analisi Array-CGH in diagnosi postnatale si esegue su DNA estratto da sangue periferico o da
altri tessuti (cute, mucosa buccale). E’ indicata in caso di: sospetta sindrome da
microduplicazione/delezione, ritardo mentale isolato o sindromico, malformazioni congenite,
fenotipi complessi, caratterizzazione molecolare di anomalie cromosomiche identificate mediante
cariotipo convenzionale.
L’indagine viene eseguita in diagnosi prenatale solo in particolari situazioni : riscontro di anomalie
ecografiche e studio di riarrangiamento cromosomico fetale insorto de novo (compresi i cromosomi
marcatori sovrannumerari). Il DNA può essere estratto da villi coriali, liquido amniotico, sangue
fetale, biopsia cutanea fetale.
La metodica non rileva i riarrangiamenti cromosomici bilanciati e i mosaicismi inferiori al 30%.
Indagine Array-CGH
Tempi
massimi di
refertazione
(gg)
Array- CGH su campioni in diagnosi post natale
30-60
Array- CGH su campioni in diagnosi pre natale
10
3. GENETICA MOLECOLARE
Le indagini di genetica molecolare consistono nello studio del DNA e dei suoi prodotti, RNA e
proteine, le cui alterazioni possono essere correlate o responsabili di una particolare condizione
genetica. Attraverso l’analisi molecolare è possibile identificare mutazioni geniche responsabili o
predisponenti a malattie genetiche.
Le analisi molecolari possono essere eseguite in epoca prenatale o postnatale a partire da diversi
tipi di materiale biologico.
Tali indagini sono svolte a fini assistenziali (inquadramento diagnostico e ottimizzazione
terapeutica), di prevenzione (consulenza genetica preconcezionale e prenatale), e di ricerca
(identificazione di nuove mutazioni, ricerca di correlazioni genotipo/fenotipo).
Le analisi molecolari in epoca prenatale possono essere eseguite a partire da:
villi coriali, cellule del liquido amniotico, sangue fetale, biopsia cutanea fetale, materiale abortivo
Le analisi molecolari in epoca postnatale possono essere eseguite a partire da:
sangue periferico, biopsie tissutali.
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Le analisi molecolari disponibili sono:
Patologia
Geni indagati
Metodo
Tempi
massimi di
refertazion
e (gg)
21
Anemia Falciforme (drepanocitosi)
HBB
Aneuploidie 13,18,21 X e Y (QF-PCR)
Polimorfismi cromosomi
QF-PCR
13,18,21,X e Y
Test di
Regione 15p11.2
Metilazione
MS-PCR
2-3
Aortic Valve Disease di tipo 1 (AOVD1)
NOTCH1
seq
30
Arterie tortuose (ATS) Sindrome delle
SLC2A10
seq
30
Artrogriposi distale
TNNI2, TNNT3, MYH3,
TPM2
seq
30
Atassia di Friedreich
X25
21
Atassia Spinocerebellare tipo 1 – SCA1
ATXN1
dim.all.
LR PCR
dim.all.
Atassia Spinocerebellare tipo 2 – SCA2
ATXN2
dim.all.
21
ATXN3
dim.all.
21
Atassia Spinocerebellare tipo 6 – SCA6
CACNA1A
dim.all.
21
Atassia Spinocerebellare tipo 7 – SCA7
ATXN7
dim.all.
21
Atassia Spinocerebellare tipo 17 – SCA17
TBP
dim.all.
21
ATN1
dim.all.
21
seq.
30
seq.
30
Angelmann, Sindrome di
Atassia Spinocerebellare tipo 3 – SCA3
Machado-Joseph-disease (MJD)
Atrofia dentato-rubro-pallido-luisiana
(DRPLA)
Beals-Hecht Sindrome di (Contratture
congenite con aracnodattilia)
Caffey, Malattia di
FBN2 (mutazioni
ricorrenti)
COL1A1
seq
21
21
Conservazione del DNA
5
Carcinoma renale papillare
c-met
seq.
21
Corea di Huntington
IT15
dim.all
21
Cutis laxa dominante di tipo 1 (ADCL1)
ELN (mutazioni
ricorrenti)
seq.
30
Cutis laxa recessiva di tipo 2A (ARCL2A)
ATP6V0A2
seq.
30
Deficit di α1 Antitripsina
SERPINA
seq.
21
Deficit di G6PD
seq.
21
Disgenesia Gonadica
G6PD
Ricerca SRY
Sequenze Y Relate
PCR
21
Disomia Uniparentale- UPD
cromosomi 7, 9, 11, 14,
15
dim.all.
21
Displasia acromicrica/geleofisica
FBN1 esoni 41-41
seq.
30
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Displasia spondiloepimetafisaria con lassità
legamentosa tipo 1
Distrofia Miotonica di Steinert
B3GALT6
seq.
30
21
Ehlers-Danlos di tipo classico
COL5A1*; COL5A2
Ehlers-Danlos forma progeroide tipo 1
B4GALT7
dim.all. e
S.B.
*seq. e
MLPA
seq.
seq.
Ehlers-Danlos forma progeroide tipo 2
B3GALT6
seq.
30
Ehlers-Danlos di tipo vascolare
COL3A1
30
Ehlers-Danlos tipo cifoscoliotico
PLOD1
seq. e MLPA
LR PCR,
seq, MLPA
30
Ehlers-Danlos tipo artrocalasico
COL1A1 (esone 6),
COL1A2 (esone 6)
seq.
30
Ehlers-Danlos tipo dermatosparassi
ADAMTS2
seq.
30
Ehlers-Danlos atipica
COL1A1, COL1A2
seq, MLPA
30
Ehlers-Danlos tipo cardiaco-valvolare
COL1A2
seq. MLPA
30
Ehlers-Danlos muscolocontratturale
CHST14, DSE
seq.
30
Ehlers-Danlos da difetto di Tenascina-X
TNXB
seq., LR
PCR
30
Epidermolisi Bollosa Distrofica
COL7A1
seq.
30
Fibrosi Cistica
CFTR
21
FRAXA, Sindrome di (o S. di Martin Bell)
FMR1
FRAXE
AFF2
seq.
dim.all. e
South.Blot.
dim.all.
FXTAS, Sindrome di
FMR1
dim.all.
21
FMR1
dim.all.
21
GBA
seq.
21
AR (esoni 1-8)
seq.
21
AR (seq CAG)
dim.all.
Test di
Metilazione
MS-PCR
21
Fallimento Ovarico Prematuro, Sindrome
da (POF)
Gaucher, Sindrome di
Insensibilità agli Androgeni, Sindrome da
(AIS - Sindrome di Morris)
Kennedy Malattia di (SBMA)
DM1
30
30
21
21
Lynch, Sindrome di
MLH1
Loeys-Dietz Sindrome di (LDS)
TGFBR1*, TGFBR2*,
SMAD3, TGFB2,
TGFB3
seq, MLPA
seq.
30
Marfan Sindrome di
FBN1
seq. MLPA
30
MT-TL1
seq.
21
AZF a-b-c
PCR
21
Noonan/Leopard Sindrome di
PTPN11
seq.
30
Osteogenesi imperfecta
COL1A1 COL1A2
seq. MLPA
30
MELAS( Mitochondrial myopathy–
encephalopathy–lactic acidosis–stroke
syndrome)
Microdelezioni sul Cromosoma Y (Yq)
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21
SNCA, α-sinucleina,
PARK1
LRRK2 dardarina
PARK 2 parkina
PINK1, p-ten, PARK6
Polimorfismi vari
cromosomi
Parkinson Malattia di
Polimorfismi fetali per esclusione
contaminazione materna
seq. MLPA
seq. MLPA
seq. MLPA
seq. MLPA
21
dim.all.
21
Test di
Metilazione
MS-PCR
LR PCR,
seq.
seq.
Prader Willi Sindrome di
Regione cromosomica
CR15p11.2
Pseudoxantoma elastico
ABCC6
Shprintzen-Goldberg Sindrome di (SGS)
SKI
Sordità (Ipoacusia)
gene GJB2
(connessina 26)
delezioni gene GJB6
(connessina 30)
gene GJB6
(connessina 30)
DNA mitocondriale
seq.
PCR
seq.
PCR e
dig.enz.
21
Swyer Sindrome di (Disgenesia Gonadica)
SRY
seq.
21
Talassemia Alfa
HBA1, HBA2
MLPA, Seq
21
Talassemia Beta
HBB
seq., MLPA
21
Talassemia Delta
HBD
seq.
21
Talassemia Gamma
HBG1, HBG2
21
Talassemia HPFH e Emoglobina Lepore
HBB, HBD
Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 4 (AAT4)
MYH11
seq.
MLPA, GAPPCR
seq.
Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 6 (AAT6)
ACTA2
seq.
30
Thoracic Aortic Aneurysm di tipo 7 (AAT7)
MYLK
seq.
30
Tossicità al 5 fluorouracile (5FU)
DPYD
seq.
7
Thrombo-test resistenza al warfarin
VKORC1, CYP2C9
RDB
7
LOR
seq.
30
FBN1
seq. MLPA
30
seq. MLPA,
altro
21
Vohwinkel Malattia di (Cheratoderma
ereditario da difetto di loricina)
Weill-Marchesani sindrome di
Ricerca mutazione/i familiari
NON comprese nella DGR 4716/2013 All. B
21
30
30
21
30
I tempi possono variare se la richiesta è coincidente con l’arrivo del campione o se è generata da
un approfondimento diagnostico.
LEGENDA:
dim.all:
dig.enz:
LR PCR:
MS-PCR:
dimensionamento allelico
digestione con enzimi di restrizione
long range PCR
metilation sensible PCR
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QF-PCR:
RDB
S.B:
seq:
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quantitative-fluorescent PCR
reverse dot blot
southern blot
sequenziamento automatico del DNA
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NOTA
Il laboratorio al momento opera come “SERVICE PASSIVO”. Non potrà pertanto essere applicata
la normativa D.G.R. n. 34330 del 7 luglio 1999 che consente di reperire ed inviare mediante
“service” campioni biologici a centri di riferimento nazionali ed internazionali per l’esecuzione dei
test non direttamente forniti.
Le modalità di prelievo, conservazione e trasporto del materiale biologico sono disponibili sul sito
www.lcgm-geneticamedica.unibs.it – area operatori.
4. GENETICA CLINICA (CONSULENZA GENETICA)
Il Servizio di Consulenza e Genetica Clinica si rivolge a persone affette o a rischio di malattie
genetiche, assicurando un corretto inquadramento diagnostico di malattia, l’impostazione del
follow-up assistenziale, la consulenza genetica in merito alle modalità di trasmissione della
malattia, alla definizione del rischio riproduttivo dell’affetto e dei familiari, alle possibili terapie
incluse le opzioni riproduttive.
Durante la visita viene raccolta l’anamnesi familiare e personale del probando, viene ricostruito
l’albero genealogico, viene esaminata la documentazione clinica e strumentale relativa alla
patologia in esame, quando necessario, viene visitato il paziente.
In base all’indicazione si effettuano le seguenti consulenze genetiche:
Preconcezionale
Valuta, in una coppia, il rischio di ricorrenza di una malattia ereditaria presente nella famiglia, o il
rischio riproduttivo di una coppia che desideri pianificare una gravidanza.
Prenatale
Correlata alla diagnosi prenatale di una malattia genetica in presenza di una patologia genetica
familiare o di un’anomalia riscontrata in ambito prenatale.
Postnatale
finalizzata all’inquadramento clinico diagnostico, alla prognosi e al rischio di
ricorrenza/occorrenza di una patologia genetica in un bambino o in un adulto.
correlata ai test genetici, atta cioè a fornire informazioni relative ai test genetici richiesti e
all’interpretazione dei risultati degli stessi .
Oncologica:
permette di identificare persone ad alto rischio di insorgenza di tumori attraverso l'analisi della
storia familiare e/o attraverso l'applicazione di test genetici.
L’attività si avvale dell’interazione tra diversi specialisti che, in alcuni casi, sono organizzati in unità/
equipe dedicate.
Per accedere all’ambulatorio chiamare il numero 030-3717269 tutti i giorni feriali dalle 8.00 alle
13.00.
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